企业发生的现金短缺在计算企业所得税应纳税所得额时如何处理？

答：根据《财政部国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号）和《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）的规定，企业清查出的现金短缺减除责任人赔偿后的余额，作为现金损失在计算应纳税所得额时扣除。