无论选择代理注册公司还是自己注册公司都有其优缺点，需要根据不同的情况进行分析。下面就深圳公司注册中代理和自己注册的优缺点进行细分分类：

1. 注册费用：一般来说，用代理注册公司的服务费用相对于自己注册会更高一些。因为代理注册公司通常提供完整的服务和专业的顾问，也对公司注册程序有足够的经验和知识，能够让注册更加顺利。但是，对于预算紧张的企业来说，可能会选择自己办理以节约开支。
2. 代理的专业性：代理注册公司在深圳公司注册时通常具有丰富的经验和知识，尤其是对相关政策和法规的了解更加全面，这可以确保注册程序完整而准确。而自己办理公司注册可能更容易出现错误，导致注册流程缓慢，总体注册过程也可能被耽误。

3. 时间：如果企业负责人和员工没有大量空闲时间来准备注册材料或处理政府文件，代理公司可能更适合。对于那些没有足够时间自己办理注册的企业，代理公司可以更快地完成注册，并且帮助企业获得所需的注册证件。

4. 地理位置：如果企业坐落在深圳城外，那么代理注册公司可能更有优势。代理注册公司通常具有总部和分支机构，可以为那些位于城市之外的企业提供更方便的注册服务。

总之，在深圳公司注册时，选择代理注册公司或自己注册，需要根据不同情况进行分析。如果企业拥有足够的时间、工作人员和经验背景，自己注册可能是更便宜的方式，并且能够自行控制注册过程。但如果企业无法抽出充分的时间去研究注册程序，或对于政策和法规知识有限，那么选择代理注册公司就显得更为明智。