分支机构主要有两种形式：一种为分公司；一种为办事处。分公司可以从事经营活动，而办事处一般只能从事总公司营业范围内的业务联络活动。分公司、办事处税收待遇不同，主要体现在企业所得税和流转税上。
　　从企业所得税看，办事处由于不能从事经营活动，没有业务收入，不存在利润，也就没有应纳税所得额，无需缴纳企业所得税；对于分公司而言，企业所得税可以在分公司所在地税务机关缴纳，也可以汇总后由总公司集中缴纳。对于由总公司汇总缴纳的，由总公司所在地国税局开具企业所得税已在总机构汇总缴纳的证明，分公司凭此证明到所在地国税局办理相关手续。一般来说，汇总纳税优于独立纳税，因为总公司和分公司的盈、亏可以相互弥补。
　　从增值税上看，办事处由于不从事经营活动，所以在当地无需缴纳增值税；而分公司的经营活动必须在当地缴纳增值税。
　　企业的分支机构间经常会发生货物移送的行为，总机构为了避免在分支机构所在地缴纳增值税，可以按照《关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发［1998］13号）的规定，设立办事处一类的机构，不开发票，不收货款，货款由客户直接汇至总部，发票直接由总部开具给客户。该办事处只是对货物的移送负责监督和保管。

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